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DNA筛选Web服务

基因合成为研究和开发开辟了令人兴奋的新可能性,并有可能使世界面临前所未有的威胁。合成生物学行业需要一种实用的、负责任的方法来减少意外或有意生产所关注的DNA序列的可能性。

巴特尔公司的ThreatSEQ解决方案是一种基于网络的分析软件工具和服务,用于快速筛选提交基因合成的DNA序列。利用先进的算法和数千个特定威胁的序列数据,它快速准确地检测出关注的DNA序列,并将这些信息以简洁的报告形式提供给用户。ThreatSEQ DNA筛选服务为合成生物学行业提供了一种强大的新资源,以减少危险生物通过基因合成(无意或故意)产生的风险。

该平台由应用基因组学、免疫学、毒理学、生物信息学、化学和生物防御、高级分析和网络安全领域的领先专家历时十多年建立,使人们对基因序列构成潜在生物安全威胁的因素有了深入的了解。

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好处

ThreatSEQ DNA筛查服务为基因合成公司提供了一种替代目前的半自动和主观DNA筛查方案,使他们能够更快、更好地做出决策,保护自己、客户和社会免受潜在的生物安全风险,同时保持成本可控。

技术支持:

  • 更高的信心水平:大大降低错误率,并提供威胁级别的客观评估。
  • 减少假阳性:与目前的筛查方法相比,误报率降低70- 90%。
  • 减少劳动力成本:更少的假阳性加上自动提供特定序列的威胁信息,减少了潜在威胁所需的调查时间。
对相关序列进行快速DNA分析

特性

我们的技术基于基于巴特尔专利毒性因子数据库的威胁识别算法,该数据库包含了相关的基因序列。由于数据库是围绕特定序列组织的,而不是与已知病原体的全基因组进行匹配,该算法可以识别出有问题的特定序列,并通过全面、自动化的报告和分配威胁状态通知生物安全人员。

ThreatSEQ分析基于基于巴特尔专有的毒性因子数据库构建的威胁识别算法,该数据库包含所关注的遗传序列

毒力因子数据库
该数据库建立在十多年来对病原体危险因素的研究基础上。它汇编了超过10,000个相关序列,包括来自75种细菌、96种病毒、12种真核病原体和其他病原体贡献者的850种相关序列。

这些因素包括(但不限于):

  • 毒力因子
  • 抗生素耐药性
  • 免疫逃避的因素
  • 人类bioregulators
  • 蛋白质毒素
  • 其他威胁因素(例如,阿片酶途径)
该数据库涵盖了100%的美国特定病原体和澳大利亚组名单(第一级),以及几乎所有已知的人类/人畜共患病细菌病原体。为了确保进行最全面的比较,还向用户提供了来自国家生物技术信息中心(NCBI)数据库和世界各地其他精选代理注册中心的生物全基因组的结果。

显示ThreatSEQ如何工作的流程图

威胁识别算法

该算法快速扫描所要求的DNA序列,并在威胁因素数据库中寻找匹配。匹配可能是整个基因序列或部分基因序列。我们的ThreatSEQ web服务被设计为高效操作和检测复杂模式(例如,瓷砖马赛克DNA片段)。

除了识别阳性匹配外,我们的算法还通过分析基因的结构和功能,提供有关基因序列可能带来的威胁类型的信息。现有的分析得到了4400多篇同行评议全文论文的支持,随着新的研究出现,巴特尔继续更新数据库和算法。

威胁报告
Battelle的ThreatSEQ解决方案提供了易于理解的报告,标记了关注的特定序列,并描述了与序列相关的潜在危险。这些报告允许审查人员轻松地确定请求序列所表示的威胁级别,并理解威胁确定背后的基本原理。

审核人员可以运行订单历史记录和威胁状态报告,方便跟踪和审核筛选结果。

为了更有效的审查,对威胁进行了排名。

  • 威胁匹配已知的关注序列
  • 潜在的威胁匹配任何序列在一个无注释的选择代理的基因组
  • 不可能的威胁匹配一个不相关的序列在一个注释的选择代理的基因组
  • Non-threat匹配非选择代理的基因组序列

应用程序

在实验室工作的研究人员随着合成生物产业的成熟,技术变得更加强大和廉价,生物安全风险也在不断增加。现有的解决方案提供了有限的解决方案,并带来了日益增加的成本负担,这主要是由人工审查假阳性筛查命中造成的。

ThreatSEQ DNA筛选服务使基因合成公司能够做出更快、更明智的决定,以保护自己、客户和社会免受潜在的生物安全风险。该软件和分析服务可对提交生产的DNA序列进行快速分析,在满足基因合成要求之前识别潜在的相关DNA序列。

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